Oddělení genetiky a šlechtění hospodářských zvířat dlouhodobě řeší otázky odhadu plemenných hodnot u dojeného skotu. Výsledky tohoto výzkumu jsou přímo využívány při zdokonalování šlechtění skotu v ČR. Závažným tématem poslední doby je šlechtění na zvyšování odolnosti dojnic vůči nemocem jako je klinická mastitida a nemoci paznehtů, které mají významný záporný vliv na efektivitu chovu dojeného skotu. Používá se metoda genomického odhadu plemenných hodnot, kdy se na základě informací o užitkovosti (fenotypu) zvířat, jejich příbuznosti (rodokmenu) a přímo přečtené genetické informace ve formě jednonukleotidových sekvencí (SNP) stanoví genetická (plemenná) hodnota jedince pro hodnocený znak. Přesnost stanovení plemenných hodnot lze dále zvýšit informacemi o znacích tělesného rámce a dalších pomocných znacích. Základní informace o výskytu nemocí u dojnic, které v případě šlechtění na zvýšení odolnosti vůči nemocem představují „užitkovost“ tj. fenotyp zvířat, se získávají z Deníku nemocí a léčení, kde jsou evidovány chovateli.
Vyhodnocení celorepublikového sběru ročních dat o zdraví dojnic ukázalo, že holštýnské dojnice (H) měly celkově více laktací s mastitidou (C 19,1; H 22,2 %) a totéž platilo, s výjimkou první laktace, v jednotlivých vyšších pořadích laktace (2, 3, 4, > 5). Proti očekávání měly prvotelky českého strakatého skotu (C) více mastitid zejména v prvním a ještě i v druhém měsíci laktace (1. měsíc: C 8,3; H 7,1 %; 2. měsíc: C 2,0; H 1,8 %). Vyzdvižena je potřeba lepších chovatelských podmínek, především pro mladé plemenice, před otelením a v prvních týdnech laktace.
Dalším tématem současného výzkumu oddělení genetiky je optimalizace postupů hodnocení odhadu plemenných hodnot pro odolnost vůči klinické mastitidě. Z dalšího šetření mimo jiné vyplývá to, že při posuzování jednotlivých znaků exteriéru je důležité mít na mysli i vzájemné interakce, tedy že jejich působení je vzájemné a musí být zohledněno naráz.
