Náplní oddělení je začlenění poznatků genetiky jak populační, tak molekulární, a ostatních vědních oborů do ucelených selekčních a hybridizačních programů u hlavních druhů hospodářských zvířat. Těžištěm je vývoj metod předpovědi plemenné hodnoty jedinců a populací, včetně genomické plemenné hodnoty, vhodných postupů vyhodnocování souborů kontroly užitkovosti, ověřování nových selekčních hledisek a určení jejich genetické podmíněnosti, konstrukce selekčních indexů, ziskových funkcí a bioekonomických modelů pro ekonomické hodnocení jednotlivých vlastností, dílčích opatření ve šlechtění, užitkových typů a užitkového zaměření. Optimalizace selekčních a hybridizačních programů a simulace genetických dějů v populacích zvířat včetně vývoje metod pro uchování genetické různorodosti uvnitř a mezi populacemi a ohrožených genetických živočišných zdrojů. Vývoj vlastního software pro řešení výše uvedených otázek. Oddělení úzce spolupracuje se svazy chovatelů, organizacemi pověřenými k celostátní evidenci a hodnocení zvířat a nadnárodními šlechtitelskými organizacemi, jako jsou Interbull a Interbeef.
