Současné oddělení chovu prasat vzniklo sloučením oddělení Kostelec nad Orlicí a Praha. Zaměřuje se na využití potenciálu užitkovosti prasat, ve směru intenzity a efektivity reprodukčních a produkčních vlastností.
Pracoviště v Kostelci nad Orlicí navazuje na tradici bývalého Výzkumného ústavu chovu prasat. Zabývá se klíčovými obory chovu, tj. reprodukcí a výživou se zaměřením na využití v managementu produkčních i šlechtitelských chovů. Dále řeší otázky technologie a welfare u prasat. Má oprávnění pořádat inseminační kurzy pro inseminaci u prasnic ve vlastním podniku. Oddělení je zapojeno do programu ochrany genetických zdrojů jako specializované pracoviště pro kryokonzervaci spermatu a dalších biologických materiálů. Součástí pracoviště je uznaný nukleový chov přeštických černostrakatých prasat a chov laboratorních miniprasat.
Oddělení se také zabývá otázkami produkce masa a jatečné hodnoty prasat se zaměřením na skladbu jatečného těla. V rámci této problematiky jsou vyvíjeny a ověřovány objektivní metody klasifikace jatečných těl prasat. Na základě pověření Ministerstvem zemědělství zajišťuje pracoviště v Kostelci nad Orlicí odbornou přípravu fyzických osob pro provádění klasifikace jatečně upravených těl prasat (SEUROP).
Aplikovatelnost výsledků výzkumu v praxi je prioritou všech částí oddělení.