Projekt řeší vybrané nákazy bakteriálního, virového a protozoárního původu se zoonotickým potenciálem u malých přežvýkavců. Cílem projektu bude vyvinout nové, příp. zlepšit stávající molekulárně biologické metody pro diagnostiku vybraných agens u zvířat a v prostředí farem. Tyto nástroje poskytnou chovatelům přesnou, specifickou a citlivou metodu pro zjištění vybraných agens u zvířat, ať již v klinické nebo v subklinické
fázi onemocnění, kdy zvíře nevykazuje klinické příznaky, ale je zdrojem infekce pro ostatní zvířata. S infekcemi zvířat souvisí i suroviny/potraviny živočišného původu, jakožto možný zdroj infekce pro konzumenty. Projekt se zaměří zejména mléko a mléčné výrobky, které mohou být kontaminovány jak primárně, tak sekundárně z vnějšího prostředí. V další fázi řešení projektu bude zmapován výskyt genů rezistence ke sledovaným onemocněním, odhadnut stupeň genetické variability a vyhodnocena genetická diverzita v modelových chovech.