Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů

KYSELOVÁ, Jitka, GURGUL, Artur, JASIELCZUK, Igor, SZTANKÓOVÁ, Zuzana, HOFMANNOVÁ, Michala, JOCHOVÁ, Kateřina a TICHÝ, Ladislav., 2020 Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů. In Generace za generací: šlechtění v našich chovech. Sborník ze semináře u příležitosti 90. narození prof. Václava Jakubce, DrSc.. Praha Uhříněves: Výzkumný ústasv živočišné výroby v.v.i., s. 30-37. ISSN 978-80-7403-236-3
Kateg. publikacePříspěvky ve sbornících
Interní odkaz20120.pdf
Abstrakt

Genetické zdroje (GZ) jsou unikátním a nenahraditelným zdrojem genů pro další zlepšování biologického a hospodářského potenciálu produkčních organismů v zemědělství. Zachování agrobiodiverzity umožňuje čelit změnám prostředí a klimatu, odolávat novým patogenům a rozšiřovat možnosti šlechtění. Cílem studie byl odhad parametrů genetické diverzity GZ české červinky a původního nezušlechtěného plemene českého strakatého skotu a dále porovnání původní české červinky s revitalizovanou populací červinky, která vznikla po převodném křížení s českým strakatým skotem. Genomická analýza SNP markerů a stanovení genotypů bylo provedeno pomocí hybridizace purifikované DNA na standartních bovinních 50K BeadChip miroarrays. Parametry genetické diverzity – heterozygotnost (H), koeficient inbreedingu (FIS), fixační index (FST) a struktura genetické variability (PCA analýza) byly odhadnuty programem PLINK. Studie prokázala značný stupeň alelického polymorfismu (92,6 – 94,32 %) avšak nižší hodnoty průměrné heterozygotnosti jednotlivých subpopulací (0,362 – 0,377). Za velice pozitivní zjištění lze považovat nulové hodnoty průměrného koeficientu inbreedingu FIS. Podle nízkých hodnot fixačního indexu FST a výsledku PCA analýzy nejsou mezi populacemi původní a revitalizované červinky významné genetické rozdíly. Získané poznatky byly poskytnuty Národnímu referenčnímu středisku pro genetické zdroje zvířat s ohledem na možné využití v cílené ochraně ohrožených genofondů původních plemen českého skotu.

ProjektDlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace
OdděleníGenetika a šlechtění hospodářských zvířat