Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů
Kateg. publikace | Příspěvky ve sbornících |
Interní odkaz | 20120.pdf |
Abstrakt | Genetické zdroje (GZ) jsou unikátním a nenahraditelným zdrojem genů pro další zlepšování biologického a hospodářského potenciálu produkčních organismů v zemědělství. Zachování agrobiodiverzity umožňuje čelit změnám prostředí a klimatu, odolávat novým patogenům a rozšiřovat možnosti šlechtění. Cílem studie byl odhad parametrů genetické diverzity GZ české červinky a původního nezušlechtěného plemene českého strakatého skotu a dále porovnání původní české červinky s revitalizovanou populací červinky, která vznikla po převodném křížení s českým strakatým skotem. Genomická analýza SNP markerů a stanovení genotypů bylo provedeno pomocí hybridizace purifikované DNA na standartních bovinních 50K BeadChip miroarrays. Parametry genetické diverzity – heterozygotnost (H), koeficient inbreedingu (FIS), fixační index (FST) a struktura genetické variability (PCA analýza) byly odhadnuty programem PLINK. Studie prokázala značný stupeň alelického polymorfismu (92,6 – 94,32 %) avšak nižší hodnoty průměrné heterozygotnosti jednotlivých subpopulací (0,362 – 0,377). Za velice pozitivní zjištění lze považovat nulové hodnoty průměrného koeficientu inbreedingu FIS. Podle nízkých hodnot fixačního indexu FST a výsledku PCA analýzy nejsou mezi populacemi původní a revitalizované červinky významné genetické rozdíly. Získané poznatky byly poskytnuty Národnímu referenčnímu středisku pro genetické zdroje zvířat s ohledem na možné využití v cílené ochraně ohrožených genofondů původních plemen českého skotu. |
Projekt | Dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace |
Oddělení | Genetika a šlechtění hospodářských zvířat |
VÚŽV v.v.i. > Publikace > Detail publikace