Ačkoli je zajištění dobrého zdravotního stavu zvířat jedním z cílů ekologického zemědělství a jedním z klíčových důvodů, proč spotřebitelé nakupují ekologické produkty, tak skutečně dosahovaná úroveň zdraví je v některých parametrech srovnatelná s konvenčními chovy. Ke zlepšení zdravotního stavu v ekologických chovech dojeného skotu by pomohlo nastavení minimálních požadavků očekávaných výsledků zdraví. V aktuální evropské legislativě tyto standardy chybí, stejně jako nejsou zavedeny ani v národní legislativě ani v rámci privátních programů certifikačních společností v České republice. V některých zemích si certifikační a kontrolní orgány prosadily aspoň částečné limity pro zdraví, které umožňují kromě zlepšení zdraví zvířat také zvyšování konkurenceschopnosti na trhu s ekologickými produkty.