Použití antimikrobních látek v chovech hospodářských zvířat v rámci terapie, metafylaxe a profylaxe s sebou současně přináší kromě rizika vzniku získané rezistence také rizika spojená se snížením úrovně welfare a zdraví chovaných zvířat, ale samozřejmě má potenciální vliv i na zdraví lidí. Vznik získané rezistence je možno omezit důsledným dodržováním zásad správné chovatelské praxe včetně principů biologické bezpečnosti a udržováním vysoké hygienické úrovně v objektech pro ustájení zvířat jako základu pro udržení dobrého zdravotního stavu zvířat na farmách a jejich welfare.