Molekulárna charakterizácia miestnych plemien je kľúčovým faktorom ochrany biodiverzity a mala by sa kombinovať s vhodnými šľachtiteľskými stratégiami s cieľom zlepšiť produkčné charakteristiky pôvodných plemien a zabrániť úbytku plemien. Analyzovalo sa deväť plemien oviec (česká valašská ovca /CVA/, šumavská ovca /SUM/, zušľachtená valaška /IVA/, slovenská valašská ovca /SVA/, Świniarka /SWI/, Uhruská ovca /UHR/, Podgorská ovca /POG/, ukrajinská ovca (UKR) a Tsurcana ovca /TUR/) chovaných v Karpatskej oblasti (Česká republika, Slovensko, Poľsko, Ukrajina, Rumunsko) s použitím súboru 13 mikrosatelitných markerov. Analýza štruktúry ukázala dva základné genofondy: CVA a SWI boli priradené do jedného genofondu, a plemená: IVA, SUM, SVA, POG, UHR, UK a TUR patrili do druhého genofondu s vysokou úrovňou prekrývania, čo naznačuje, že tieto plemená majú spoločného predka a nie sú jasne diferencované. Sada mikrosatelitných markerov môže byť použitá ako účinný molekulárny nástroj na analýzu genetickej diverzity.