Genomické plemenné hodnoty pro klinickou mastitidu u holštýnského skotu, zdvojené genotypy v genomické referenční populaci

ZAVADILOVÁ, Ludmila, KAŠNÁ, Eva a KLÍMOVÁ, Anita., 2022 Genomické plemenné hodnoty pro klinickou mastitidu u holštýnského skotu, zdvojené genotypy v genomické referenční populaci. In Příspěvek J. G. Mendela ke šlechtění hospodářských zvířat. Praha Uhříněves: Výzkumný ústav živočišné výroby, v. v. i. Praha Uhříněves Oddělení genetiky a šlechtění hospodářských zvířat, s. 57-65. ISSN
Kateg. publikaceOstatní..
Interní odkaz22044.pdf
Abstrakt

Článek se zabývá vyhodnocením genomického odhadu plemenných hodnot pro klinickou mastitidu u holštýnského skotu, kdy se zaměřujeme na vliv jedinců s pravděpodobně stejnými genomickými hodnotami. Počet krav pro odhad plemenných hodnot pro klinickou mastitidu byl 86 591. Laktační incidence byla u klinické mastitidy 19,14 %. K vyhodnocení byl použit jednoznakový lineární animal model s opakovatelností s pevnými efekty stáda, roku a období otelení, pořadí laktace v kombinaci se třídou věku při otelení. Pro odhad genomických plemenných hodnot byla použita jednokroková metoda genomického odhadu. Referenční populace byla v rozsahu 37 740 jedinců, býků 5 422, krav a jalovic 32 318. Konečný počet SNP byl 35 295. Počet efektivních jedinců 37 015. Mezi genomickými zvířaty bylo 115 zvířat, u nichž byla nalezena vysoká shoda genotypu s jiným jedincem. Jednalo se o 107 krav (narozených 2015 až 2021) a 8 býků (narozených 1990 až 2010). Dvojčata, samice, byla potvrzena u 27 párů, jednou se vyskytla trojčata. Byly provedeny tři výpočty, kdy byla z genomické matice odstraněna všechna zvířata s duplikovaným genotypem, případně ponechána jen ověřená dvojčata. Vliv na genomické plemenné hodnoty případně na jejich spolehlivost se nám nepodařilo prokázat. V použité referenční populaci jsme identifikovali jedince se sporným genotypem, které navrhujeme odstranit, protože jsou zjevně chybné. Stejně tak jsme ukázali, že jeden z býků byl zapsán dvakrát, vždy pod jiným jménem.

ProjektDlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace, Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace
OdděleníGenetika a šlechtění hospodářských zvířat