Laboratorní určování funkčních variant v genech TLR přirozené imunity skotu

VÝZKUMNÝ ÚSTAV ŽIVOČIŠNÉ VÝROBY, v.v.i. V UHŘÍNĚVSI. Laboratorní určování funkčních variant v genech TLR přirozené imunity skotu. Autoři: NOVÁK, Karel, CZERNEKOVÁ, Vladimíra, KYSELOVÁ, Jitka a BJELKA, Marek.. Česká republika. Certifikovaná metodika 978-80-7403-211-0. 2018-12-10.
Kateg. publikaceMetodiky certifikované, metodiky, software
Interní odkaz18260.pdf
Abstrakt

Přímá selekce na zdravotní znaky v populacích mléčného skotu, konkrétně na znaky rezistence vůči infekcím, je usnadněna možností určovat konkrétní varianty příčinných genů, které tyto znaky řídí. Zvažování účinků variant genů působících v rámci přirozené imunity je třeba považovat za doplněk základního výpočtu plemenných hodnot a tvorby selekčních indexů a konzultační činnosti při zlepšení stáda pro požadované znaky. Cílem metodiky je koncentrovat možnosti, které poskytuje variabilita klíčové skupiny TLR genů vrozené imunity, pro genetickou diagnostiku. TLR geny kódují řadu deseti tzv. Toll-like receptorů, na něž navazuje signální dráha, která aktivuje obrannou odpověď už na úrovni přepisu genů. Metodika zahrnula určení těch variant TLR genů, které se vyskytují v domácích populacích dojeného skotu na základě provedeného výzkumu. Ten byl založen na resekvenování vybraných genů pomocí sekvenování nové generace. Druhým kritériem je počítačová předpověď významného efektu změny na úrovni bílkoviny. Třetím kritériem pro zařazení jsou údaje, které byly o účinku konkrétních mutací publikovány pro světové populace. Ty jsou v metodice uvedeny a měly by poskytnout podklady pro jejich šlechtitelské využití výsledků testů. Údaje o efektech budou průběžně doplňovány výsledky validace efektů u mléčného skotu na základě ukončeného projektu NAZV QJ1610489 a potenciálních dalších výzkumů, zejména na základě dat zjišťovaných po rozšíření metodiky. Technicky je metodika založena na amplifikaci vybraných úseků z genů TLR ze vzorků genomické DNA skotu a následném provádění genotypovacích reakcí na těchto fragmentech. Ty jsou typu extenze primeru (SNaPshot v komerční variantě). Kromě ekonomického přínosu metodiky pro šlechtění je třeba brát zřetel na omezení používání antibiotik, zlepšení wellfare zvířat a také stabilitu odvětví pro případ epizootií. Šlechtění na zdravotní znaky je třeba považovat za součást trvale udržitelného zemědělství.

ProjektVýskyt genetických faktorů pro infekční odolnost u vybraných plemen mléčného skotu
PDF ke staženíí 18260
OdděleníGenetika a šlechtění hospodářských zvířat
Pracovní skupinaMolekulární genetika