Cílem práce bylo navrhnout optimální systém výběru zvířat, sběru zdrojů DNA, analýzy vzorků DNA a zjistit možnosti využití systému pro správu velkého rozsahu SNP dat pro potřeby genotypizace zvířat a následného genomického hodnocení. Jako zdroj dat byly použity reálná SNP z již probíhajícího systému genotypizace zvířat v rámci Národního programu pro šlechtění prasat – CzePig a simulovaná SNP. Reálná data představovala SNP genotypy získané analýzou DNA 24 zvířat, za pomoci PorcineSNP60 v2 BeadChips firmy lllumina s deklarovanými 64 232 SNP. Byla posouzena vhodnost standardních biologických zdrojů DNA: nesrážlivá krev, tkáň ucha, štětinové cibulky, stěr z nozder rypáku a sperma. Následně proběhlo porovnání vhodnosti vybraných metod izolace DNA: metoda precipitační, metoda CHELEX, metoda silikátové kolonky, metoda magnetosilikové partikule. Zvířata zařazená do analýzy DNA byla vybrána na základě jejich plemene a počtu potomků hodnocených v kontrole užitkovosti. Reálná data byla zpracována pomocí programu PLINK a příkazů v programu R-project. Simulovaná SNP byla generována za pomoci programu PLINK pro celkově 20 tisíc zvířat každý s počtem 64 232 SNP (resp. 10 000 SNP) ve dvou základních formátech dat. Celková velikost souboru reálných dat byla 233 MB (64K čip u 24 zvířat). Jako nejoptimálnější zdroj DNA co do jednoduchosti sběru, neinvazivnosti, pracnosti, nároků na uchování vzorků, resp. rizika znehodnocení vzorku se jeví štětinové cibulky. Jako nevhodný zdroj pro izolaci DNA u prasat byly vyhodnoceny nazální stěry. Metoda izolace DNA metodou magnetosilikové partikule se jeví jako nejoptimálnější ve vztahu k různým zdrojům DNA. Velikost souboru fiktivních dat byla až 4 GB. Pro management SNP dat byl použit program TheSNPpit. Rychlost ukládání dat se pohybovala kolem 90 milionů SNP za sekundu.