Selekční programy koní jsou zaměřeny především na jejich využitelnost ve sportu nebo exteriérové znaky. Plodnost bývá často opomíjena, i když se jedná o vlastnost s vysokým ekonomickým významem. Úroveň plodnosti je ovlivněna jak genetickými, tak prostřeďovými faktory. Koeficienty dědivosti plodnosti klisen i hřebců jsou nízké, nicméně na znaky plodnosti lze efektivně selektovat pomocí plemenných hodnot. K vývoji genetického hodnocení znaků plodnosti je zapotřebí rozsáhlé databáze obsahující jak fenotypové, tak i rodokmenové údaje. Celosvětově je však využitelnost databází limitujícím faktorem, což je také důvodem proč je odhad genetických parametrů obtížný. Dalším důvodem je nízký počet potomků a dlouhý generační interval koní. Reprodukční úroveň koní může být zvýšena i využitím reprodukčních biotechnologií.