PxSNP v1.0
Kateg. publikace | Metodiky certifikované; metodiky; software |
Interní odkaz | 20126.pdf |
Abstrakt | Program PxSNP slouží pro úpravu surových genomických dat. Součástí programu je kontrola vstupních údajů pro použitelnost rozličných formátů k dalšímu zpracování a samotná příprava genomických údajů pro imputaci v programu FImpute (Sargolzaei et al. 2014). Součástí programu je také simulační balíček SIMPUT, který slouží k ověření přesnosti imputace v závislosti na velikosti referenční populace a množství chybějících SNP. Jedna z částí programu PxSNP je zaměřena na kontrolu rodokmenu a detekce cyklů, které se často v rodokmenech vyskytují. Program PxSNP je schopný připravit surová data k imputaci a následně je upravit pro další použití pomocí zpětného převodu. Zpětný převod upravuje data do původní podoby, případně do podoby vstupního souboru pro předpověď plemenných hodnot v programu BLUPf90 (Mizstal et al. 2018). |
Projekt | Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace, Dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace |
Oddělení | Genetika a šlechtění hospodářských zvířat |
VÚŽV v.v.i. > Publikace > Detail publikace