PxSNP v1.0

VÝZKUMNÝ ÚSTAV ŽIVOČIŠNÉ VÝROBY, v.v.i. V UHŘÍNĚVSI. PxSNP v1.0. Autoři: KLÍMOVÁ, Anita a KLÍMA, Jakub.. Česká republika. Software PxSNP. 2020-11-10.
Kateg. publikaceMetodiky certifikované, metodiky, software
Interní odkaz20126.pdf
Abstrakt

Program PxSNP slouží pro úpravu surových genomických dat. Součástí programu je kontrola vstupních údajů pro použitelnost rozličných formátů k dalšímu zpracování a samotná příprava genomických údajů pro imputaci v programu FImpute (Sargolzaei et al. 2014). Součástí programu je také simulační balíček SIMPUT, který slouží k ověření přesnosti imputace v závislosti na velikosti referenční populace a množství chybějících SNP. Jedna z částí programu PxSNP je zaměřena na kontrolu rodokmenu a detekce cyklů, které se často v rodokmenech vyskytují. Program PxSNP je schopný připravit surová data k imputaci a následně je upravit pro další použití pomocí zpětného převodu. Zpětný převod upravuje data do původní podoby, případně do podoby vstupního souboru pro předpověď plemenných hodnot v programu BLUPf90 (Mizstal et al. 2018).

ProjektNavýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace
OdděleníGenetika a šlechtění hospodářských zvířat