Studium variability imunitních genů v populaci českého strakatého skotu

TICHÝ, Ladislav, NOVÁK, Karel, KYSELOVÁ, Jitka, PŘIBÁŇOVÁ, Michaela, SZTANKÓOVÁ, Zuzana a VOSTRÝ, Luboš., 2022 Studium variability imunitních genů v populaci českého strakatého skotu. In Příspěvek J. G. Mendela ke šlechtění hospodářských zvířat. Praha Uhříněves: Výzkumný ústav živočišné výroby, v. v. i. Praha Uhříněves Oddělení genetiky a šlechtění hospodářských zvířat, s. 49-56. ISSN
Kateg. publikaceOstatní..
Interní odkaz22043.pdf
Abstrakt

Hlavním cílem této studie bylo analyzovat variabilitu genů pro kinázy 1 a 4 asociované s receptorem pro interleukin 1 (IRAK1, IRAK4) a gen myelinového a lymfocytového proteinu (MAL) v populaci českého strakatého skotu (ČESTR). O těchto genech je známo velmi málo, obzvláště ve vztahu k infekční rezistenci, která může být klíčová pro šlechtění skotu. Genetická variabilita byla stanovena pomocí sekvenování nové generace (NGS) screeningem 164 býků ČESTR. Získané výsledky sekvenační technologie PacBio (Pac Bio RSII, Pacific Biosciences) byly zaznamenány a porovnány s databázovými údaji. V genu IRAK1 bylo nalezeno 17 jednonukleotidových variant (SNV), v genu IRAK4 byly nalezeny 3 delece a 12 bodových mutací. Gen MAL obsahoval pouze dva jednonukleotidové polymorfismy. Bioinformatická predikce funkčních dopadů polymorfismu nalezeného v populaci identifikovala pouze jednu nesynonymní mutaci 5131 A/G v genu IRAK1, která vede k aminokyselinové záměně. K determinaci populační variability byly použity tři genotypizační metody: Sangerovo sekvenování, DNA čipy (Illumina) a metoda extenze primeru (SNaPshot, Thermo Fisher Scientific). Ve spolupráci s Českomoravskou společností chovatelů (ČMSCH) bylo provedeno srovnání alelických frekvencí polymorfismu rs110533802 IRAK1 populace ČESTR s populacemi ostatních plemen skotu. Na základě získaných dat lze konstatovat, že funkčně významná diverzita ve studované populaci ČESTR je v analyzovaných genech pravděpodobně omezená.

ProjektDlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace, Výskyt genetických faktorů pro infekční odolnost u vybraných plemen mléčného skotu
OdděleníGenetika a šlechtění hospodářských zvířat