Hodnocení účinnosti dezinfekce v chovech prasat je nedílnou součástí managementu biosekurity farmy. Mikrobiologická kontrola účinnosti dezinfekce poskytuje informace nejen o dodržení postupu dezinfekce a kvalitě provedené práce, ale i o účinnosti použitých přípravků a koncentraci dezinfekčních roztoků. V podmínkách chovů prasat došlo u tří dezinfekčních přípravků obsahujících různé účinné látky (peroxidy, jodofory a glutaraldehyd) ve vzorcích po dezinfekci ke snížení celkového počtu mikroorganismů o tři logaritmické řády z 106 na 103 na 1 cm2 povrchu. To znamená, že v souladu s Metodikou SVS ČR je možno dezinfekci hodnotit za účinnou. Předpokladem účinnosti dezinfekce je v první řadě dodržení technologického postupu sanitace zohledňující faktory, které mohou účinnost dezinfekce ovlivnit, a to úroveň mikrobiální kontaminace stájí včetně odolnosti mikroorganismů, vlastnosti a způsobu použití dezinfekčních přípravků aj.