Nejdůležitějším krokem, kterým je možné zabránit rozvoji antimikrobiální rezistence v chovech hospodářských zvířat, je udržení dobrého zdravotního stavu chovaných zvířat. Tím se současně nejen sníží množství používaných antibiotik, ale také se vytvoří předpoklady pro dosažení geneticky daných produkčních a reprodukčních ukazatelů zvířat a tím i profitability chovu. Nárůst rezistence mikroorganismů v chovech hospodářských zvířat na farmách je možné omezit zavedením zásad správné chovatelské praxe, využíváním efektivního vakcinačního programu (profylaxe) a dodržováním principů biosekurity. Důsledné dodržování zásad správné chovatelské praxe má významný podíl na udržení a postupném zlepšování zdravotního stavu zvířat v chovu. Základem těchto postupů je v první řadě zajištění odpovídající úrovně imunity mláďat, optimalizace chovného prostředí včetně minimalizace stresu zvířat a dodržování vypracovaného zdravotního plánu stáda. Základem profylaxe je vytvoření vakcinačního plánu a výběru vakcín, vhodných pro použití v daném chovu, který musí vycházet z důkladné analýzy zdravotního stavu stáda, popř. hejna včetně vymezení rizik, která souvisí s použitím vakcín a pravidelného hodnocení účinnosti nastaveného vakcinačního schématu. Individuální plán biosekurity je dalším účinným nástrojem snížení spotřeby antibiotik v chovech hospodářských zvířat. Dodržování zásad biosekurity významně snižuje potenciální riziko průniku infekce do chovu (zvířaty, lidmi, krmivem a vodou, přepravními prostředky aj.) a jejího šíření v areálu farmy (optimalizací technologických systémů, vytvoření bariér, kontroly kvality surovin a produktů aj.).