Životní podmínky a management koní nejen v ČR se liší mezi jednotlivými chovy, čemuž odpovídá i široké spektrum specifických problémů welfare koní. Na evropské úrovni se jimi zabývá mimo jiné skupina pro výzkum chování koní Oddělení etologie VÚŽV Uhříněves v rámci projektu „AWIN“ (7. RP EK). Chování a welfare spolu úzce souvisejí. Dva příklady z oblasti reprodukce koní a odchovu hříbat dokládají, že přírodním výběrem formované zákonitosti chování stále zásadně ovlivňují život a chování dnešních koní v chovech, a tím i jejich reprodukci, produkční ukazatele a welfare. 1) Vysoká embryonální mortalita byla prokázána u klisen, které po návratu z připuštění mimo domácí stáj žily v blízkosti hřebců nebo valachů, a tím byly vystaveny možné samčí infanticidě. 2) Klisny, které během kojení hříběte zabřezly, zintenzívnily oproti jalovým klisnám kojení v počátečních fázích laktace, kdy jsou nároky plodu ještě nízké. Kojeným hříbatům tak kompenzovaly dřívější odstav vyvolaný dvojí mateřskou investicí.