Experimentální základnu, která zajišťuje podmínky a zázemí především pro výzkumnou činnost jednotlivých pracovišť ústavu, tvoří 24 akreditovaných objektů ve střediscích Uhříněves, Netluky, Královice a Kostelec nad Orlicí. Poslední akreditační řízení bylo ukončeno 9.4.2016 udělením nové akreditace. Kromě experimentálního zázemí umožňuje účelové hospodářství i ověřování technologií a aplikaci výzkumných poznatků přímo v praxi a jejich demonstraci v rámci aktivit pro pedagogické účely a osvětu chovatelské a poradenské praxe. Na základě spolupráce s ČZU Praha se zde realizují bloky studentských praxí a cvičení z odborných předmětů, exkurze základních škol a gymnázií a odborné kurzy pro přepravce zvířat. Areály a objekty se průběžně modernizují a vybavují tak, aby splňovaly požadavky pro realizaci plánovaných pokusů.
Na hlavním experimentálním pracovišti v Netlukách jsou objekty pro skot (výkrmna skotu, experimentální stáj pro dojnice, tři kravíny, dojírna, odchovna mladého skotu, teletník), ovce, prasata (dvě porodny a kontrolní stanice prasat) a koně, dále biotechnická laboratoř a klimatizovaná stáj. V lokalitě Podlesko je umístěna základna pro experimenty spojené s faremním chovem jelenovitých. Komplex experimentálních stájí Uhříněves je tvořen fyziologickými stájemi, pokusnou stájí pro drůbež a objekty pro chov králíků, ovcí a chov laboratorních potkanů a myší. Nedílnou součástí jsou i pokusná jatka. Areál masného skotu v Královicích s přilehlými pastvinami slouží především k řešení úkolů oddělení chovu skotu a etologie.
Experimentální stáj pro prasata je umístěna na detašovaném pracovišti oddělení chovu prasat v Kostelci nad Orlicí. V chovu skotu, metodicky usměrňovaném výzkumnými programy především v oboru genetiky a šlechtění, se udržuje skladba dojené části základního stáda na cca 70 % zastoupení holštýnského plemene a 30% zastoupení plemene českého strakatého, dále se využívá pokusné čistokrevné stádo masného skotu plemeno gasconne. Chov prasat je organizován jako produkční, v roce 2015 tvořil základnu pro pokusy oddělení etologie, výživy zvířat a jakosti produkce.
Rostlinná výroba je orientovaná především na produkci jadrných i objemných krmiv v potřebné kvalitě i sortimentu a objemu pro potřeby živočišné výroby. Rostlinná výroba obhospodařovala v roce 2015 celkem 786,03ha zemědělské půdy, z toho 722,79ha orné půdy.
Účelové hospodářství v Netlukách a v Kostelci dále zajišťuje projekty v rámci Národního programu konzervace a využití genetických zdrojů zvířat. Po dohodě s Ministerstvem zemědělství byl vytvořen na účelovém hospodářství Netluky konzervační nukleus českého strakatého skotu (ČESTR), a to ze zvířat vykoupených koncem roku 2009 z komerčních chovů. Skupina je využívána k získávání embryí pro kryokonzervaci v genobance, k zajištění pokračování chovu in-situ v přirozeném prostředí a k produkci samčího plemenného materiálu pro individuální chovatele zapojené v Národním programu. V roce 2014 se projekt uchování genového zdroje původního strakatého skotu soustředil na produkci embryí od vykoupených krav. Konzervační nukleus genového zdroje ČESTR ke dni 31.12.2015 má 14 krav, 11 jalovic, 4 telata a 3 býky ve výkrmu a 1 býka v odchovně plemenných býků.
Nukleový chov české červinky na farmě Netluky tvoří k 31.12.2015 tvoří 5 krav, 3 jalovice, 1 tele a 1 býk v odchovně mladých býků..
Konzervační nukleus přeštického černostrakatého prasete (na farmě Kostelec n. Orlicí) má stabilizační charakter k udržení stávající liniové struktury populace, s hlavní náplní využití zmrazených inseminačních dávek kprodukci plemenných kanců i pro ostatní šlechtitelské chovy, k navýšení počtu zmrazených inseminačních dávek a k revitalizaci zaniklých nebo chovatelskou praxí požadovaných linií. Průběžně je ověřována aktivita a fertilizační schopnost zmrazených inseminačních dávek. 70-80% dávek se 40-50% motilitou spermií po rozmrazení splňuje požadovaná kritéria pro inseminaci zmrazeným spermatem.
Vzhledem na požadavky zpracovatelů bylo v roce 2013 započato s chovem prasat plemene přeštické, a tím i výroba žírových prasat. K 31.12.2015 bylo na farmě 11 kusů prasnic přeštického plemene a jeden plemenný kanec.
Mimo základní poslání účelového hospodářství, to je zabezpečování potřebného počtu zvířat do experimentů a vlastní realizaci těchto experimentů, stále vzrůstá i jeho význam z hlediska výukových a demonstračních funkcí:
- pro studenty ČZU v Praze připravujeme cykly praktických cvičení ze zoohygieny a reprodukce
- pro Vyšší odbornou školu a Střední zemědělskou školu v Benešově organizujeme pravidelná praktická cvičení studentů 3. ročníků
- tradičně zajišťujeme odborné exkurze studentů Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, ČZU v Praze a exkurze pro studenty Středních odborných škol
- organizujeme praktické instruktáže pro školení přepravců zvířat
- pro základní školy i laickou veřejnost pořádáme den otevřených dveří na farmě Netluky v rámci každoroční akce „Věda ve stájích a na polích – PŘÍBĚH POTRAVIN“.