Impact of reference population and marker density on accuracy of population imputation

The effect of the reference population size and the number of missing single nucleotide polymorphisms (SNPs) on imputation accuracy was determined. The population imputation method using the FImpute software was applied. The dataset used for the purpose of this study was taken from the database of the Holstein Cattle Breeders Association of the Czech Republic. It contains 1000 animals genotyped with the Illumina BovineSNP50 v.2 BeadChip. Two datasets were created, the first containing the original genotypes, including the missing SNPs, the second containing the same genotypes modified to avoid missing data. In these datasets, animals were randomly selected for a reference population (10, 25, 50 and 75%) and there were randomly selected SNPs for deletion (15, 30, 55, 70, and 95%) in animals that were not used as the reference population. Subsequently, the data accuracy was determined by two parameters: correlation between original and imputed SNPs and percentage of correctly imputed SNPs. Since animals and SNPs were randomly selected, the process including data imputation was repeated 100 times. Accuracy was determined as the average accuracy over all repetitions. It was found that the imputation accuracy is influenced by both parameters. If the size of the reference population is sufficient, the imputation accuracy is higher despite the large number of missing SNPs.

Tradiční seminář doktorandů ve VÚŽV

Dne 14. listopadu 2019 se ve velké zasedací místnosti Výzkumného ústavu živočišné výroby, v. v. i. uskuteční tradiční seminář doktorandů. Účelem setkání je informovat o postupu prací a výsledcích dosažených v rámci doktorandského studia. Doktorandi ve svých prezentacích seznámí přítomné nejen s tématem disertační práce, ale především s postupem prací na řešení, plánem na následující období, publikační aktivitou za dobu trvání studia, absolvované kurzy, stáže.

Číst dále

ON-LINE KALKULACE

SW FarmProfit


 

Ekonomický sw na kalkulaci ekonomických ukazatelů základních odvětví zemědělství. Zdarma, OnLine.

ON-LINE PORADNA

Poradentské služby pro chovatele


 

V naší on-line poradně budou Vaše dotazy zodpovězeny příslušným odborným pracovníkem pro daný druh hospodářského zvířete.

PRO PRAXI

NABÍDKA SLUŽEB A APLIKACÍ PRO CHOVATELE

Farmprofit

FarmProfit je ekonomický software sloužící ke kalkulaci ekonomických ukazatelů základních odvětví zemědělství

Číst dále

Předpověď struktury stáda

Program simuluje dynamiku populace stáda v měsíčním intervalu a následně předpovídá budoucí strukturu stáda

Číst dále

SEUROP

Organizace odborné přípravy klasifikátorů jatečně upravených těl prasat a dospělého skotu

Číst dále

ECOWEIGHT

Programový balík ECOWEIGHT je určen pro výpočet ekonomických vah (důležitosti) významných vlastností u hospodářských zvířat.

Číst dále

Stanovení genetických variant

Služba pro chovatele - určení variant genů mléčných bílkovin pro skot, ovce a kozy; booroola genu u ovcí a genů pro zbarvení koní

Číst dále

Rentabilita výroby mléka

Cílem dotazníkového šetření je stanovení celkových nákladů výroby mléka, definování rentability produkce a stanovení závislostí mezi výrobními a ekonomickými parametry.

Číst dále

Komerční příležitosti

Nabídka ověřených výsledků aplikovaného výzkumu a experimentálního vývoje ke komerčnímu využití.

ŘEŠENÉ PROJEKTY

Výběr z aktualních projektů ústavu

VĚDA POPULÁRNĚ

Popularizační články, aneb o vědě nevědecky

Oddělení genetiky a šlechtění hospodářských zvířat dlouhodobě řeší otázky odhadu plemenných hodnot u dojeného skotu. Výsledky tohoto výzkumu jsou přímo využívány při zdokonalování šlechtění skotu v ČR. Závažným tématem poslední doby je šlechtění na zvyšování odolnosti dojnic vůči nemocem jako je klinická mastitida a nemoci paznehtů, které mají významný záporný vliv na efektivitu chovu dojeného skotu. 

Na roční světové produkci mléka (kolem 864 mil. tun) se podílí přibližně 83 % mléko kravské, 13 % buvolí, 2 % kozí, 1 % ovčí a 1 % ostatní druhy zvířat. Při značné variabilitě mezi světovými regiony a státy dosahuje průměrná spotřeba mléka na každého obyvatele naší planety kolem 113 kg mléka, což potvrzuje, že mléko a mléčné výrobky jsou významnou součástí jídelníčku. Vzhledem k rychlému růstu obyvatelstva především v méně rozvinutých regionech, stabilní, popř. snižující se výměře zemědělské půdy, klimatickým změnám, zvětšování rozdílů mezi nejbohatšími a nejchudšími státy, neklidné situací v mnoha oblastech a hrozbě další hospodářské krize je stávajícímu stavu a […]

Chov skotu patří v ČR stejně jako ve většině států EU k nejvýznamnějším odvětvím živočišné výroby. Potvrzují to početní stavy skotu i produkce a spotřeba mléka a hovězího masa. Významně se na chovu skotu podílí chov masného skotu, kde na rozdíl od států EU-28 dochází v posledních letech v ČR k výraznému rozvoji chovu. Za posledních deset let (2009 až 2019) se stavy krav bez tržní produkce mléka zvýšily o 66 tis. kusů, tj. o 41 % a k 1. 4. 2019 se chovalo na území ČR celkem 226 tisíc krav masných plemen. Udržení a další rozvoj chovu a tím zajištění udržování ploch […]

Kalendář akcí

Listopad 2019
Pondělí Úterý Středa Čtvrtek Pátek Sobota Neděle
28.10.2019

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti
29.10.2019

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti
30.10.2019

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti
31.10.2019

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti

Výstava Genetické zdrojeKlíč k zemědělské rozmanitosti

EXKURZE NETLUKY

EXKURZE NETLUKY

ŠKOLA NA FARMĚ

ŠKOLA NA FARMĚ
1.11.2019 2.11.2019 3.11.2019
4.11.2019 5.11.2019 6.11.2019 7.11.2019

ŠKOLA NA FARMĚ

ŠKOLA NA FARMĚ
8.11.2019 9.11.2019 10.11.2019
11.11.2019 12.11.2019

Aktuální otázky bioklimatologie zvířat 2019

Aktuální otázky bioklimatologie zvířat 2019
13.11.2019 14.11.2019

ŠKOLA NA FARMĚ

ŠKOLA NA FARMĚ
15.11.2019 16.11.2019 17.11.2019
18.11.2019 19.11.2019 20.11.2019 21.11.2019

Farmářský den ve Velké Chyšce

Farmářský den ve Velké Chyšce
22.11.2019 23.11.2019 24.11.2019
25.11.2019 26.11.2019 27.11.2019 28.11.2019

Nové směry v intenzivních a zájmových chovech králíků

Nové směry v intenzivních a zájmových chovech králíků
29.11.2019 30.11.2019 1.12.2019

NABÍZÍME

VOLNÁ MÍSTA