Nabízíme PhD studentům možnost pracovat na svých projektech ve VÚŽV pod vedením školitelů a školitelů-specialistů, kteří jsou zároveň zaměstnanci ústavu. Studenti musí být k postgraduálnímu studiu zapsáni na některé z univerzit (např. ČZU, UK, JČU, MendelU…) Kritéria, podle kterých může být vybrán hlavní školitel daného studenta, si určují jednotlivé oborové rady a liší se na každé univerzitě/fakultě.
Začínající doktorandi se představí krátkou prezentací na uzavřeném informačním semináři se školiteli a vedením VÚŽV (každoročně v říjnu). V průběhu PhD studia se všichni doktorandi ve VÚŽV aktivně podílejí na chodu a činnosti jednotlivých oddělení. Účastní se mimo jiné odborných seminářů, vědeckých konferencí a praktických workshopů. Pravidelně konzultují postup a výsledky projektů se svými školiteli, prezentují a diskutují své výsledky v rámci oddělení. Spolupracují s ostatními členy oddělení a zpravidla se podílejí na řešení a správě grantových projektů. Doktorandi od druhého roku studia výše představují průběh a výsledky svých projektů za uplynulý rok vždy v prosinci na společném veřejném semináři ve VÚŽV. Po úspěšné obhajobě dizertační práce na kmenové univerzitě bude každý doktorand prezentovat výsledky svého projektu na samostatném semináři ve VÚŽV.
Doktorandům může být nabídnut částečný pracovní úvazek ve VÚŽV, jehož rozsah může být na základě úspěšného řešení projektu (publikace výsledků) rozšířen.