Genomické plemenné hodnoty pro klinickou mastitidu u holštýnského skotu, zdvojené genotypy v genomické referenční populaci
Kateg. publikace | Ostatní.. |
Interní odkaz | 22044.pdf |
Abstrakt | Článek se zabývá vyhodnocením genomického odhadu plemenných hodnot pro klinickou mastitidu u holštýnského skotu, kdy se zaměřujeme na vliv jedinců s pravděpodobně stejnými genomickými hodnotami. Počet krav pro odhad plemenných hodnot pro klinickou mastitidu byl 86 591. Laktační incidence byla u klinické mastitidy 19,14 %. K vyhodnocení byl použit jednoznakový lineární animal model s opakovatelností s pevnými efekty stáda, roku a období otelení, pořadí laktace v kombinaci se třídou věku při otelení. Pro odhad genomických plemenných hodnot byla použita jednokroková metoda genomického odhadu. Referenční populace byla v rozsahu 37 740 jedinců, býků 5 422, krav a jalovic 32 318. Konečný počet SNP byl 35 295. Počet efektivních jedinců 37 015. Mezi genomickými zvířaty bylo 115 zvířat, u nichž byla nalezena vysoká shoda genotypu s jiným jedincem. Jednalo se o 107 krav (narozených 2015 až 2021) a 8 býků (narozených 1990 až 2010). Dvojčata, samice, byla potvrzena u 27 párů, jednou se vyskytla trojčata. Byly provedeny tři výpočty, kdy byla z genomické matice odstraněna všechna zvířata s duplikovaným genotypem, případně ponechána jen ověřená dvojčata. Vliv na genomické plemenné hodnoty případně na jejich spolehlivost se nám nepodařilo prokázat. V použité referenční populaci jsme identifikovali jedince se sporným genotypem, které navrhujeme odstranit, protože jsou zjevně chybné. Stejně tak jsme ukázali, že jeden z býků byl zapsán dvakrát, vždy pod jiným jménem. |
Projekt | Dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace, Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace |
Oddělení | Genetika a šlechtění hospodářských zvířat |
VÚŽV v.v.i. > Publikace > Detail publikace