Zhodnocení příbuznosti prasat
Kateg. publikace | Ostatní.. |
Interní odkaz | 22236.pdf |
Abstrakt | Studie byla zaměřena na současnou analýzu genetické diverzity lokálního přeštického černostrakatého plemene prasat pomocí genealogických a za použití SNP dat. Rodokmenový soubor zohledňoval informace o otci, matce, datu narození, pohlaví, plemenné linii a stádu pro 1971 jedinců. Analýza SNP (n=181) byla provedena na čipu Illumina PorcineSNP60 BeadChip. Byla vyhodnocena kvalita rodokmenu a SNP dat spolu s koeficienty příbuzenské plemenitby (F) a efektivní velikostí populace (Ne). Spearmanovy pořadové korelace zohledňovaly vztah mezi F vypočteným na základě ROH (s minimální délkou v Mbp) a Fped tj. dle inbreedingu rodokmenu. Průměrná hodnota Fped pro všechna zvířata byla 3,44 %, zatímco Froh se pohybovala od 10,81 % pro minimální velikost 1 Mbp do 3,98 % pro Froh s 16 Mbp. Průměrná minoritní alela byla 0,282 ± 0,109. Pozorovaná (Ho) a očekávaná (He) heterozygotnost byla 0,382 ± 0,126 a 0,372 ± 0,119. Efektivní velikost populace získaná na základě obou základních zdrojů dat, dosahovala hodnot kolem 50 zvířat. Mírné korelační koeficienty (0,491-0,542) byly zjištěny mezi Fped a Froh. Přestože jsou genealogické údaje zaznamenány na vysoké úrovni, měly by závěry z analýz dat SNP hrát větší roli při rozhodování při zachovávání a ochraně genetické diverzity plemene. |
Projekt | Vytvoření referenční populace a vývoj postupů pro odhad genomických plemenných hodnot znaků prasat zařazených do Českého národního šlechtitelského programu, Dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace |
Oddělení | Genetika a šlechtění hospodářských zvířat |
VÚŽV v.v.i. > Publikace > Detail publikace