Starokladrubský kůň je jediné české autochtonní plemeno koní, jež má některé pozoruhodné vlastnosti, díky kterým je zařazeno do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů zvířat významných pro výživu a zemědělství. Genetická variabilita tohoto plemene byla studována pomocí sekvenační analýzy 275 bp úseku D-smyčky mitochondriální DNA. Celkem bylo testováno 175 starokladrubských koní. Srovnáním s referenční sekvencí bylo nalezeno 23 polymorfních míst, přičemž ve všech případech se jednalo o substituci. Studované vzorky náležely k 14 haplotypům a 5 haploskupinám. Z předkládaných výsledků je patrné, že studovaní starokladrubští koně mají podobný stupeň polymorfismu jako již dříve studovaná plemena koní.