I když genomická selekce založená na genotypovacích arrayích je převládajícím přístupem ke šlechtění u hospodářských druhů, lze nalézt slabá místa této technologie. Nehledě na dodatečné zahrnutí dat z funkční genomiky, byla konstatována negativní koselekce na zdravotní a reprodukční znaky. Začlenění konkrétních genů spojených s těmito znaky do šlechtění může omezit negativní trendy. V tomto kontextu je prováděn screening na diverzitu genů asociovaných s přirozenou imunitou v populaci českého strakatého skotu. Hodnocení nalezených genových variant v asociačních studiích demonstrovalo nejenom vliv na zdravotní znaky, ale i významný efekt na samičí reprodukční znaky v případě sledovaných genů TLR z antibakteriální sady. Získané údaje pro skot komplementují publikovaný efekt těchto primárně imunitních genů na reprodukční znaky u modelových druhů, jako je myš a člověk. Další geny s potenciálem pro šlechtění jsou MYD88 a dva geny kódující podjednotky transkripčního faktoru NFkappaB. Konkrétně by měl být sledován jejich vliv na tzv. resilienci fyziologických znaků.