Významnou vstupní surovinu pro anaerobní digesci v bioplynových stanicích je kromě siláží také biologický odpad skotu, prasat nebo drůbeže. Fugát, odpadní produkt z výroby bioplynu, který se v zemědělství pravidelně využívá jako hnojivo, může nicméně obsahovat bakteriální patogeny způsobující nejrůznější zoonózy. Anaerobní digesce (AD), hlavní metoda stabilizace biologických pevných látek, může účinně a do značné míry deaktivovat životaschopné patogeny, včetně parazitů, virů a patogenů obsahujících geny rezistence na antibiotika. Tento přehled si klade za cíl poskytnout kritický přehled týkající se deaktivace patogenů souvisejících s produkty bioplynových stanic pomocí AD, díky čemuž byly vzneseny vážné obavy ohledně účinnosti a racionality AD vůči kontrole patogenů ve fugátu. Byly diskutovány základní deaktivační mechanismy a ovlivňující faktory se zaměřením na modelování související s patogeny a technologické aspekty AD. Cílem studie je porovnat diverzitu potenciálních bakteriálních patogenů v různých typech kejdy, vše s použitím molekulárně-biologických metod na úrovni DNA. Společenstva byla zkoumána metodou fragmentační analýzy T-RFLP a sekvenováním části 16S rRNA dideoxy metodou. Studie má za cíl zvýšit povědomí o diverzitě potenciálních patogenů pocházejících z chovu zvířat a vlivu anaerobní digesce na složení bakteriálního společenstva, a celkově tak má přispět ke zlepšení hygieny zemědělské produkce.